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Text File  |  1995-03-04  |  2.2 KB  |  46 lines
  1. ********************************************
  2. * Ferritin iron-binding regions signatures *
  3. ********************************************
  4.  
  5. Ferritin [1,2] is one of the major non-heme iron storage proteins. It consists
  6. of a mineral core of hydrated ferric  oxide, and a multi-subunit protein shell
  7. which  englobes   the  former  and   assures   its   solubility in  an aqueous
  8. environment.
  9.  
  10. In animals the protein is mainly cytoplasmic  and  there  are generally two or
  11. more genes that encodes for closely related subunits (in mammals there are two
  12. subunits which are known as H(eavy) and L(ight)).  In plants ferritin is found
  13. in the chloroplast [3].
  14.  
  15. There are a number  of well conserved  region in the sequence of ferritins. We
  16. have selected two  of  these regions to  develop signature patterns. The first
  17. pattern is located in the  central  part  of  the  sequence of ferritin and it
  18. contains  three  conserved  glutamate  which are thought to be involved in the
  19. binding of iron.  The second pattern  is located in the C-terminal section, it
  20. corresponds to a region  which forms a hydrophilic channel through which small
  21. molecules and ions can gain access to the central cavity of the molecule; this
  22. pattern also  includes  conserved  acidic  residues  which are potential metal
  23. binding sites.
  24.  
  25. -Consensus pattern: E-x-[KR]-E-x(2)-E-[KR]-[LF]-[LIVMA]-x(2)-Q-N-x-R-x-G-R
  26.                     [The 3 E's are potential iron ligands]
  27. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  28.  for ferritin 1 from Schistosoma mansoni
  29. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  30.  
  31. -Consensus pattern: D-x(2)-[LIVMF]-[STAC]-[DH]-F-[LI]-[EN]-x(2)-[FY]-L-x(6)-
  32.                     [LIVM]-[KN]
  33.                     [The second D and the E are potential iron ligands]
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  35. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  36.  
  37. -Last update: October 1993 / Patterns and text revised.
  38.  
  39. [ 1] Crichton R.R., Charloteaux-Wauters M.
  40.      Eur. J. Biochem. 164:485-506(1987).
  41. [ 2] Theil E.C.
  42.      Annu. Rev. Biochem. 56:289-315(1987).
  43. [ 3] Ragland M., Briat J.-F., Gagnon J., Laulhere J.-P., Massenet O.,
  44.      Theil E.C.
  45.      J. Biol. Chem. 265:18339-18344(1990).
  46.